La vecchia chiesa di S. Antonio, così come la cappella del Sacro Cuore, erano considerate da qualche tempo inadeguate alle nuove esigenze dell’aumentata popolazione di Gavarno. Per questo nel 1989 il parroco Don Cesare Gervasoni incarica l’architetto Remo Invernizzi del progetto per una nuova chiesa. Nell’occasione nasce il Comitato chiesa nuova formato da gavarnesi che sosterranno e seguiranno il progredire dei lavori. La costruzione ha inizio nel 1991 ed è aperta al culto, in occasioni particolari, dal 1995.

Il 29 ottobre 2000 il vescovo mons. Roberto Amadei la consacra e la dedica al Beato Giovanni XXIII.